A település története a XII-XIII. századra megy vissza. Csíksomlyó, Vardotfalva és Csobatfalva egyesüléséből keletkezett, a Kis- és Nagysomlyó hegyének lábainál. Az első írásos emlék az 1332-es pápai dézsmajegyzék. Egyes feltételezések szerint, a környék különleges volta miatt ősidők óta kultikus helynek számított. Az 1400-as években ide költöző ferencesek előtt már a XIII. század elején állt templom és kolostor, de hogy milyen szerzetesek lakták, azt nem tudni.
Hunyadi János, 1442-ben, a marosszentimrei győzelem emlékére a kolostornak kiváltságokat ad. Ekkoriban épül a régi templom helyére egy nagyobb, késő gótikus stílusú templom. IV. Jenő pápa 1444. február 2-án rendeletében teljes búcsút engedélyezett mindazoknak, akik a ferences atyák csíksomlyói Mária templomának építkezésében segítenek. A pápa rendeletében utalás van arra, hogy korábban is zarándokok látogatták Csíksomlyót.
A későbbi búcsújárás középpontjává a templomban található szobor vált, amelyet a XV. század elején egy ismeretlen művész készített. A világon ismert kegyszobrok között ez a legnagyobb. A Napba öltözött asszonyt ábrázolja, akinek a lába alatt a Hold, fején 12 csillagból álló korona van. Egyben királynőként is ábrázolja Szűz Máriát, fején koronával, jobb kezében jogar, bal karján Jézus ül, aki a világ Megváltója.A zarándokok kérik a közbenjárását, megsimogatják a lábát, hozzá érintik a kegytárgyakat, bízva a Szűzanya édesanyai áldásában.
Messze földön elterjedt, hogy a szobor többször is olyan fényben ragyogott, hogy világossága betöltötte a templomot. Sokan azt vették észre, hogy Szűz Mária nézi, tekintetével követi őket.
A török-tatár dúlások alkalmával a kegyszobor Csíksomlyón maradt. A hagyomány szerint, a környéket fosztogató tatárok vezére nyolc pár ökörrel vontatott szekéren akarta a szobrot elszállítani, de az olyan súlyossá vált, hogy a szekér nem mozdult. A vezér, dühében a kardjával megsebezte Mária arcát és nyakát. Ezek után a tatár karja megbénult. Ezek a sérülések ma is láthatóak a kegyszobron. Többször megkísérelték a Szűz Mária arcán lévő piros sebhelyet befesteni, de a festék lepergett róla.
Sokan tapasztalták azt, hogy a Szűzanya meghallgatta és teljesítette a kéréseiket.
A kegyszobor csodatévő erejének tulajdonítottak a hívek a katolikus székelység győzelmét 1567. pünkösd szombatján, amikor a csíki, a gyergyói és a kászoni székelyek hitük védelmében fegyvert fogtak, és a Tolvajos-tetőn megverték János Zsigmond fejedelem seregét, amely erővel akarta a protestáns hitet rájuk kényszeríteni. A győzelem után a hazavonulók, zászlóikat nyírfaágakkal ékesítették fel. A csata alatt az addig a templomban imádkozó hozzátartozók a győztes sereg elé vonultak, és fogadalmat tettek, hogy ezután minden évben pünkösd szombatján elzarándokolnak Mária szobrához.
A székelyföldi katolikusok a moldvai csángókkal közösen jártak a csíksomlyói Pünkösdi búcsúra. Pünkösdvasárnap hajnalban a moldvai csángók rendszeresen visszamentek a hegyre, hogy ott köszönthessék a felkelő Napot, amelyben ők a Napba öltözött asszonyt, Babba Máriát tisztelik.
A jelenlegi kéttornyú templom 1802-ben épült, a kegyoltár pedig 1848-ban.
Orbán Balázs monográfiájában A Székelyföld leírása című monográfiájában 20 – 30 ezer zarándokról ír, az általa megtekintett búcsú kapcsán.
A kommunista diktatúra alatt tiltották a búcsút. Pünkösdkor a román katonaság egységei szállták meg a környéket. A tiltás ellenére az odaérkező zarándokokat zaklatták, közülük sokat elvittek kényszermunkára. A hatalom pünkösdre szervezett programokat is, melyeken kötelező volt a részvétel. 1950-ben motorversenyt rendeztek. Rá egy évre elvitték a ferenceseket és csak egy idős pap állt a hívek szolgálatára. Csoportosan nem, de egyénileg lehetett a templom falai között ünnepelni. 1962-ben, egy oroszhegyi idős székely ember megálmodta, hogy pünkösdkor ott kell lennie a kegytemplomban. El is ment és látomása támadt, miszerint Szent Péter kivont karddal suhint a katonaság felé, mire azok eltűntek. Azóta valóban nem zaklatták a pünkösdi zarándokokat.
Az első szabad búcsút 1990-ben ünnepelték. Az ünnepi misét a település feletti Nyeregben tartják, félmillió magyar zarándok előtt. Nemcsak az anyaországból jönnek, hanem távoli földrészekről is évről-évre egyre többen.
Ha már Összetartozás Napjáról beszélünk, akkor ez az a nap – nem a fájdalmas június 4. -, amikor a szívekben a magyar nemzet újra egységes.
